1863年11月底，英国人赫德出任清廷海关总税务司，在此后的四十余年间，他所建立的近代海关系统对清廷有着不可忽视的意义。清廷的关税收入从1849年的221万两激增至1910年的3450万两，为晚清诸多改革及对外赔款提供了资金支持，极大地延续了清廷国祚。
晚清海关制度变革有其复杂背景。第一次鸦片战争后，清廷传统的“市舶司”难以适应新的通商需求，于是效仿欧洲建立近代海关。《南京条约》谈判期间，英方提出统一税则、明确税额等期望，然而当时的清廷既缺乏近代海关成立所需的基础条件，如确定的税则、明晰的税率与统一稳定的货币，也没有专业人才来征收关税。为此，《南京条约》及其附属条约设立了“领事保关制度”，将防范偷税漏税和打击走私的任务交给英国领事馆。但由于清廷海关腐败严重，加之美、法等国条约中无类似条款，英国商人不满，该制度很快崩溃。
1853年成为海关变革的关键年份。太平军占领南京，上海贸易陷入停滞，随后小刀会攻入上海县城，洗劫海关，海关征税陷入混乱。英国领事馆曾一度代征关税，但因各方利益冲突及政策变动，该做法未能持续。1854年，在英国驻上海领事阿礼国的提议下，“外籍税务监督制度”成型，各通商口岸开始任用洋人管理海关，海关逐渐划归总理衙门管辖。赫德于1863年正式成为海关总税务司。
自19世纪60年代起，晚清海关长期维持廉洁形象。这主要得益于赫德建立的两大机制。一是独立的监督机制，海关在架构上独立于清廷其他腐败部门，直接向高层汇报，且内部引入先进的会计、审计、统计制度，让做假账变得困难，同时海关外部还受到清廷权力部门、列强使领馆以及民间舆论的多重监督。二是人性化的薪酬福利体系，通过细致的考核制度、合理的职级晋升制度，以及高薪酬和丰厚的养老金，但是一旦贪腐即丧失全部福利，大幅削弱了职员违法贪腐的欲望。
尽管海关效率显著，但其殖民底色仍受诟病。洋员垄断管理层，华员薪资与晋升受限，1900年后民族主义兴起，这一模式备受批评。此外，对于赫德本人的操守也存在质疑，有人认为他凭借制度之便积累了丰厚资产，也有学者指出其可能存在一些不当行为，但目前尚无定论。
但不可否认的是，赫德治下的晚清海关长期维持着廉洁的名声；不过，这不仅仅取决于个人操守，制度的力量才是核心。赫德时代的海关证明，独立监督与合理薪酬能有效遏制腐败。可惜的是，清廷并未将海关的成功经验推广至其他领域，恭亲王当年在面对革新吏治的建议时，只能无奈回应：如果我们有一百个赫德，我们就采纳。