在乾隆四十六年，一件看似平常的事情却演变成一场巨大的风波。退休官员尹嘉铨，先是请求皇帝为其故去的父亲尹会一赐谥号，又提议让多位理学名臣从祀孔庙，甚至认为他的父亲也应从祀。这看似遵循传统的举动，却引起了乾隆皇帝极大的不满。
尹嘉铨以为自己在遵循圣明的传统，实则在乾隆看来，这是典型的沽名钓誉。赐谥乃是国家重大事务，需按规定进行，他竟擅自请求，有博取孝子之名之嫌；建议理学名臣从祀孔庙，也被视为别有用心。乾隆皇帝最忌讳臣子有名无实，尤其是对这种借圣道之名行自我炒作之事的行为，更是零容忍。皇帝批示对其重罚，若再不安分家居，汝罪不可逭矣！
朝廷随后抄了尹嘉铨的家，在其家中搜出大量书籍和文字资料。乾隆组织翰林学士审查，从中找出数十处悖逆之处。像尹氏认为打击朋党削弱了圣人之教，著《名臣言行录》被认为有助长朋党思维等，这些想法在乾隆眼中，无疑是对皇权的潜在挑战。
为什么乾隆会对尹嘉铨的这些思想反应如此强烈呢？这是因为乾隆极重视君权独尊，认为名臣的出现意味着君权的旁落。在他统治下，君权要绝对掌控一切，士人的思想言论不能有丝毫妨碍皇权之处。而且，他对道学也存在复杂态度，表面尊崇，实则反感排斥真道学中追求人格独立的部分。在他看来，士人只能埋头实践忠君孝亲，不能有自己的思想。
为了打击士人的思想自由，乾隆大兴文字狱。比如对尹嘉铨的审讯重点是家庭隐私，通过让其承认一些有辱人格的事，达到耻笑其的目的。他还下令查缴销毁尹氏的全部著作及碑刻拓本。同时，他通令扑毁各地去思、德政碑，严禁建生祠，垄断所有的伟大、光荣、正确的归属，只把臣民当作工具和奴才。
尹嘉铨案对清代社会影响深远。乾隆极力扩张君权虽一时稳定，却让士大夫道德与精神迅速堕落，士人被剥夺求名之心与守护良心之责，有才华而无思想，有能力却乏操守。这就使得乾隆后期的清朝，人心沦丧，在面对农民起义和外敌入侵时缺乏抵抗力，不断走向衰落。